肠结核多由人型结核杆菌引起，约占90%以上。饮用未经消毒的带菌牛奶或乳制品，也可发生牛型结核杆菌肠结核。

　　感染方式：结核杆菌侵犯肠道主要是经口感染。患者多有开放性肺结核或喉结核，因经常吞下含结核杆菌的痰液，可引起本病。或经常和开放性肺结核病人共餐，忽视餐具消毒隔离也可致病。结核杆菌进入肠道后，多在回盲部引起结核病变，可能和下列因素有关：

　　(1)含结核杆菌的肠内容物在回盲部停留较久，结核杆菌有机会和肠粘膜密切接触，增加了肠粘膜的感染机会;

　　(2)回盲部有丰富的淋巴组织，而结核杆菌容易侵犯淋巴组织。因此回盲部成为肠结核的好发部位，但其它肠段有时亦可受累。

　　肠结核也可由血行播散引起，见于粟粒型结核;或由腹腔内结核病灶如女性生殖系统结核直接蔓延引起。结核病的发病是人体和结核杆菌相互作用的结果(即内因、外因)，只有当入侵的结核杆菌数量较多、毒力较大，并有人体免疫功能下降，肠功能紊乱引起局部抵抗力削弱时，才会发病。